Difficultés du SAGE
Fractionnement du territoire hydrologique par les frontières administratives
Les divisions départementales restent vigoureuses et continuent d'être activées dans le cadre des politiques de l'eau.
Poids des activités économiques productrices de valeur ajoutée versus prises de décision en faveur de la protection de la ressource
L'eau bien commun, mais elle a plus de valeur pour les activités productives et pour les grosses collectivités.
Manque de poids juridique du SAGE malgré le renforcement récent de la valeur de ses documents (opposabilité au tiers du règlement et du PAGD)
Les outils à disposition de l'EPTB ne lui permettent pas d'agir sur les grands usages économiques de l'eau, car ni la CLE ni l'EPTB n'ont la main sur la Police de l'Eau, seule à même d'imposer l'application de réglementations et de sanctionner en cas de manquements
Portée limitée du « règlement »
du SAGE Le nouveau SAGE 2010 peut s'appuyer sur un règlement, qui identifie par exemple des Zones Humides de haute valeur à préserver radicalement de tout aménagement, ou qui indique des niveaux de fertilisants maximum pour l'agriculture. Les agriculteurs rétorquent alors qu'on ne peut leur imposer des normes plus draconiennes que celles en vigueur à l'échelle nationale.
Les contradictions internes des politiques publiques
Une difficulté plus générale, non spécifique aux SAGE, mais qui les concerne.
Typiquement, l'encouragement aux énergies renouvelables (micro-centrales hydro) entre en tension avec la protection du milieu aquatique, notamment avec la « libre circulation » des poissons et la qualité morpho-hydrologique des cours d'eau (exigences DCE).
